中文题名: | Spingopyxis sp.X20菌mlr基因簇的克隆及其特性研究 |
姓名: | |
学号: | 1049721203458 |
保密级别: | 公开 |
论文语种: | chi |
学科代码: | 083002 |
学科名称: | 环境工程 |
学生类型: | 硕士 |
学位: | 工学硕士 |
学校: | 武汉理工大学 |
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专业: | |
研究方向: | 环境微生物 |
第一导师姓名: | |
第一导师院系: | |
完成日期: | 2015-04-09 |
答辩日期: | 2015-05-25 |
中文关键词: | |
中文摘要: |
微囊藻毒素(Microcytins, MCs)是一类环状的七肽,具有强烈的毒性。微生物降解被认为是MCs在水体中去除的主要途径。目前已经分离出60余株MCs降解菌,它们大部分具有相同的MCs降解机理。已有研究表明,至少有3种蛋白水解酶参与了该过程,编码这3个酶的基因mlrA、mlrB、mlrC和编码转运蛋白的mlrD基因聚集在一个5.8 kb的基因簇中。尽管在多株MCs降解菌中检测到了mlrA基因,但是目前只获得了4株MCs降解菌的mlrA基因全序列。并且,多数MCs降解菌未进行mlrB、mlrC和mlrD基因检测,获得的基因全序列更是有限。由于缺乏MCs降解基因的全序列信息,所以目前对该基因的来源及进化过程尚不清楚。本研究以此前从滇池沉积物中分离得到一株高效的MCs降解菌Sphingopyxis sp.X20为材料,通过克隆方法得到mlr基因簇全序列,对mlrA,mlrB,mlrC,mlrD四个基因及其编码的酶进行了生物信息学分析,并对关键基因mlrA进行异源表达验证。本文主要研究内容及结果如下: (1)经PCR扩增获得目的片段,测序拼接后得到mlrA基因全长是1011bp。编码336个氨基酸,含有163个疏水性氨基酸,58个亲水性氨基酸,具有6处跨膜区,其信号肽位于1-26处区域。X20菌mlrA基因与Sphingopyxis sp. C-1 mlrA基因相似性达到99%,系统发育分析结果表明,X20菌mlrA基因与Sphingopyxis sp. C-1的mlrA基因一起形成一个进化分支。mlrA基因异源表达产物对MCs具有降解活性,可以将MCLR降解成线性MCLR,证明所得序列正确。 (2)通过PCR扩增方法得到mlrD基因全序列。mlrD基因全长为1272 bp,编码423个氨基酸, MlrD酶的分子量为44.849 kDa,含有221个疏水性氨基酸,80个亲水性氨基酸,具有10处跨膜区,其信号肽位于1-38处区域,不存在信号肽。X20菌mlrD基因与Sphingopyxis sp. C-1 mlrD基因序列相似度达到99%。 (3)通过采用步移PCR方法得到mlrC全序列。mlrC基因的全长为1587 bp,编码528个氨基酸,含有200个疏水性氨基酸和97个亲水性氨基酸。在整个氨基酸结构中,MlrC酶疏水性不高,没有跨膜区,也没有氨基酸信号肽。系统发育分析结果表明,X20菌mlrC基因与Sphingopyxis sp. C-1 mlrC基因同源性较高。 (4)利用步移PCR技术未能扩增出mlrB基因全序列,故选择构建基因组文库的方法获得mlrB基因全序列。mlrB基因全长1581 bp,有526个氨基酸,其中含有193个疏水性氨基酸,113个亲水性氨基酸。MlrB酶的分子量为57.6 kDa,在MlrB酶结构中不存在跨膜区和信号肽。系统发育分析结果表明,X20菌mlrB基因与Sphingopyxis sp. C-1菌mlrB基因亲缘性很高。 |
中图分类号: | X172 |
馆藏号: | X172/3458/2015 |
备注: | 403-西院分馆博硕论文库;203-余家头分馆博硕论文库 |